مناطق ساحلی به سبب موقعیت جغرافیایی و ویژگی‌های طبیعی، تنوع زیستی و اکوسیستم‌های وابسته و تأثیر پذیری توامان از خشکی و دریا، مناطقی حساس و شکننده محسوب می شوند و نسبت به تغییرات محیطی و فعالیت‌های انسانی آسیب پذیر و شکننده هستند. با این وجود عملکردهای بوم شناختی مناطق ساحلی سبب استقرار طیف متنوعی از توسعه و بهره برداری انسانی در این نواحی شده است و بی توجهی به پایداری ساختار و فرایندهای طبیعی مناطق ساحلی تضمینی بر پایداری تولیدات انسانی نخواهد بود. تلاش برای برقرای توازن میان ساختار و عملکرد بوم شناختی سواحل و توسعه فعالیت‌های انسانی موضوعی است که در چارچوب مدیریت محیط زیستی مناطق ساحلی کشور مورد توجه قرار گرفته است.
مهم‌ترین اهداف برنامه مدیریت محیط زیستی مناطق ساحلی کشور در "رویکرد حفاظتی" شامل حفاظت از محیط زیست منطقه ساحلی در بخش خشکی و دریا، حمایت از تنوع زیستی در منطقه ساحلی، کاهش یا جلوگیری از آلودگی در سواحل، استفاده از منابع ساحلی در حد توان اکولوژیک سرزمین و در "رویکرد توسعه‌ای" توجه به رشد اقتصادی - اجتماعی متوازن در مناطق ساحلی و تسهیل فرآیند کسب منافع اقتصادی (ضمن حفاظت از منابع محیط زیستی) می‌باشد.ایجاد دسترسی عمومی به ساحل و دریا، فراهم آوردن زمینه بهره‌برداری تفریحی از ساحل برای همه ی مردم، مدیریت فعالیت‌های انسانی در سواحل به منظور حفظ و تقویت منابع ساحلی و نظایر آن اهدافی است که در رویکرد توسعه‌ای در ساماندهی سواحل نیز مدنظر قرار دارد.
تدوین برنامه ی مدیریت زیست محیطی سواحل کشور به رغم رویکرد یکسان، به سبب تفاوت‌های ساختاری و عملکردی بوم سازگان سواحل شمال و جنوب، با راهکارهای به نسبه متفاوتی صورت می گیرد. این برنامه، با تکیه بر اکوسیستم‌های مهم و چشم اندازهای طبیعی، گونه‌های مهم گیاهی و جانوری منطقه ی ساحلی، معرفی مناطق تحت حفاظت ملی و فراملی، شناسایی آلاینده‌ها و کانونهای تهدید، الگوهای ارزیابی اثرات زیست محیطی و ارزیابی راهبردی محیط زیست مناطق ساحلی، تبیین اهداف، سیاست‌ها، اقدامات و برنامه‌های محیط زیستی دستگاه‌های دولتی مرتبط با ساحل و سرانجام برنامه پیشنهادی مدیریت محیط زیست مناطق ساحلی کشور ارائه شده است.
مدیریت محیط زیستی مناطق ساحلی کشور به عنوان فرایندی توافقی برای مدیریت منابع به منظور توسعه پایدار در نواحی ساحلی تعریف می شود. توسعه پایدار در پی آن است که به گونه ای از کمیت و کیفیت منابع ساحلی حفاظت نماید که نه تنها نیازهای نسل حاضر را برطرف کند بلکه خدمات زیست محیطی نسل آینده را نیز تضمین نماید. خروجی این برنامه، پایداری در ارائه خدمات محیط زیستی برای نسلهای آینده است.